https://visualstudiogallery.msdn.microsoft.com/8d26236e-4a64-4d64-8486-7df95156aba9

のQ&Aタブによると、現時点Visual StudioでXamarinとVisual Studio 2015 Tools for Unityがぶつかって、Unityの連動デバッグができないらしい。

今のところの解決方法はXamarinをアンインストールすることだとか。

どっちが悪いのかは知らないが。